โรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ (สาขาร่องกล้าวิทยา) เดิมชื่อโรงเรียนบ้านห้วยตีนตั่ง (สาขาร่องกล้าวิทยา) และโอนมาให้โรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ ดูแลในปีการศึกษา ๒๕๔๒ ราษฎรเป็นชาวไทยภูเขาเผ่าม้ง ในอดีตเคยเป็นมวลชนและทหารหลักของกลุ่มผู้ก่อการร้ายคอมมิวนิสต์ในเขตปฏิบัติการที่ ๑๐ ภูหินร่องกล้า แล้วกลับมาเป็นผู้ร่วมพัฒนาชาติไทยตามนโยบายของคณะรัฐมนตรี ที่ ๖๖/๒๕๒๓ และ คำสั่งที่ ๖๕/๒๕๒๕ โดยใช้การเมืองนำการทหาร พื้นที่ของโรงเรียนตั้งอยู่ในใจกลางเขตอุทยานแห่งชาติภูหินร่องกล้า ซึ่งเป็นพื้นที่กันออกบ้านร่องกล้า โดยได้รับอนุญาตจากกรมป่าไม้ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ในขณะนั้น
ปฏิบัติการสอนจริง เมื่อวันที่ ๗ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๒๘ ชาวบ้านได้สร้างอาคารเรียนชั่วคราว จำนวน ๑ หลัง และมอบหมายให้นายปัญญา พรขำ ครูจากโรงเรียนศิริราษฏร์พัฒนา มาปฏิบัติการสอน นายอำเภอนครไทยสมัยนั้น ได้มอบกระดาน สี แปรงทาสี แปรงลบกระดานเพื่อใช้ในการเรียนการสอน
วันที่ ๑๙ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๒๙ นางสาวรัตนา ปานเกิด ได้มาดำรงตำแหน่งหัวหน้าสถานศึกษา นายปัญญา พรขำ กลับโรงเรียนเดิม
วันที่ ๘ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๓๓ นางรัตนา ปานทอง (ปานเกิด) ไปช่วยราชการที่โรงเรียนชุมชน ๘ ราษฎร์อุทิศพิทยา นายทวีป แก้วป้องปก ขึ้นมาสอนแทน จนถึงวันที่ ๒๓ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๔ จึง ไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนชุมชน ๘ ราษฎร์อุทิศพิทยา นางรัตนา ปานทอง กลับมาดำรงตำแหน่งเดิม โดยมีนายดอกบัว วรรณบุตร เป็นครูใหญ่ที่โรงเรียนบ้านห้วยตีนตั่ง วันที่ 8 กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๓๔ นางรำพัน พ่วงปิ่น มาปฏิบัติราชการ
ปี พ.ศ. ๒๕๓๕ นางรัตนา ปานทอง ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่สำนักงานประถมศึกษาอำเภอ พรหมพิราม นายประทีป พราหมณ์สุวรรณ มาปฏิบัติหน้าที่แทน
ปี พ.ศ. ๒๕๓๗ นายประทีป พราหมณ์สุวรรณ และนางรำพัน พ่วงปิ่น กลับไปปฏิบัติหน้าที่ที่ โรงเรียนบ้านห้วยตีนตั่ง นายประสิทธิ์สุทธายศ ขึ้นมาปฏิบัติหน้าที่แทน ต่อมา จ.ส.อ.ณรงค์ธนสำราญ สุข มาปฏิบัติราชการ จนถึง พ.ศ. ๒๕๔๑ จึงย้ายไปดำรงตำแหน่งที่สำนักงานประถมศึกษาอำเภอวังทอง ขณะนั้นมีนายจำนัน เมืองพระฝาง เป็นครูใหญ่
วันที่ ๑ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๔๑ นางบุญยาตรา ทองอัฐ อาจารย์ ๑ ระดับ ๔ โรงเรียนบ้านบุ่งปลาฝา สำนักงานประถมศึกษาอำเภอนครไทย ขอมาช่วยราชการ
วันที่ ๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๕๔๒ ได้โอนโรงเรียนสาขา มาให้โรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ ดูแลโดยมอบหมายให้ นายสุพจน์ ฟักอ่อน ตำแหน่ง อาจารย์ ๒ ระดับ ๖ โรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ เป็นหัวหน้า (สาขาร่องกล้าวิทยา) นายประสิทธิ์ สุทธายศ ขอกลับโรงเรียนบ้านห้วยตีนตั่ง
ปีการศึกษา ๒๕๔๕ ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ และ ๔ ได้ใช้หลักสูตรแกนกลางการศึกษาขึ้นพื้นฐานพุทธศักราช ๒๕๔๔ โดยมีการสอนแบ่งเป็นกลุ่มสาระการเรียนรู้ ๘ กลุ่มสาระการเรียนรู้ คือ ภาษาไทย คณิตศาสตร์วิทยาศาสตร์สังคมศึกษา ศาสนา และวัฒนธรรม สุขศึกษาและพลศึกษา ศิลปศึกษา การ งานอาชีพและเทคโนโลยีภาษาต่างประเทศ สำหรับชั้น ป.๒ และ ๓ ยังใช้หลักสูตรเดิมคือหลักสูตรประถมศึกษา พุทธศักราช ๒๕๒๑ (ฉบับปรับปรุง) พ.ศ. ๒๕๓๓
ปีการศึกษา ๒๕๔๘ ได้รับรางวัลเหรียญทองด้านโรงเรียนส่งเสริมสุขภาพดีเด่น จากสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดพิษณุโลก
ปี พ.ศ. ๒๕๕๒ โรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ (สาขาร่องกล้าวิทยา) ขยายชั้นเรียนถึง ป.๖
วันที่ ๒๗ กันยายน พ.ศ. ๒๕๖๑ นายสมปอง เกษประสิทธิ์ มอบหมายให้ นายพงศ์วิชญ์ พิพัฒน์เอกโชติ ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าโรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ (สาขาร่องกล้าวิทยา) แทนนายพจน์ ฟักอ่อน ที่ขอไปปฏิบัติหน้าที่ ณ โรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ
วันที่ ๓๐ กันยายน ๒๕๖๑ นายสมปอง เกษประสิทธิ์ ได้เกษียณอายุราชการในตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ และมีนายอภัย สุทธิ ย้ายเข้ามาปฏิบัติหน้าที่ในตำแหน่งผู้อำนวยการ โรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ เมื่อวันที่ ๖ ธันวาคม ๒๕๖๑
วันที่ ๕ ตุลาคม ๒๕๖๕ นายอภัย สุทธิ ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านน้ำพริก อำเภอนครไทย จังหวัดพิษณุโลก ทำให้ตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษาว่างลง
วันที่ ๑ ธันวาคม ๒๕๖๕ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพิษณุโลก เขต ๓ ได้มีคำสั่งที่ ๖๐๕/๒๕๖๕ ลงวันที่ ๓๐ พ.ย. ๒๕๖๕ แต่งตั้งให้ นายสังวาล ยะทา ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยตีนตั่ง รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ (สาขาร่องกล้าวิทยา)
วันที่ ๕ ตุลาคม ๒๕๖๖ นางยุพิน เสวิสิทธิ์ ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ (สาขาร่องกล้าวิทยา) ตามคำสั่ง สพป.พิษณุโลก เขต ๓ ที่ ๔๓๙/๒๕๖๖ ลงวันที่ ๕ ตุลาคม ๒๕๖๖
วันที่ ๑ กรกฎาคม ๒๕๖๗ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพิษณุโลก เขต ๓ ได้มีคำสั่งที่ ๓๕๗/๒๕๖๗ ลงวันที่ ๒๗ มิถุนายน ๒๕๖๗ แต่งตั้งให้ นายสังวาล ยะทา ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยตีนตั่ง รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ (สาขาร่องกล้าวิทยา)
วันที่ ๑ พฤศจิกายน ๒๕๖๗ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพิษณุโลก เขต ๓ ได้มีคำสั่งที่ ๖๐๔/๒๕๖๗ ลงวันที่ ๑๑ พฤศจิกายน ๒๕๖๗ แต่งตั้งให้ นายพงศ์วิชญ์ พิพัฒน์เอกโชติ ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านท่าหินลาด รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ (สาขาร่องกล้าวิทยา) ตั้งแต่วันที่ ๑ พฤศจิกายน ๒๕๖๗ เป็นต้นไป
ปีการศึกษา ๒๕๖๗ โรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ (สาขาร่องกล้าวิทยา) จัดการศึกษาระดับ ปฐมวัย ชั้นอนุบาล ๑ – ๒ โดยใช้หลักสูตรการศึกษาปฐมวัย พุทธศักราช ๒๕๖๐ และการศึกษาระดับขั้นพื้นฐาน ชั้นปะถมศึกษาปีที่ ๑ – ๖ โดยใช้หลักสูตรสถานศึกษาโรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ (สาขาร่องกล้าวิทยา) พุทธศักราช ๒๕๖๗ ตรงตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช ๒๕๕๑ (ฉบับปรับปรุง พ.ศ. ๒๕๖๐) มีจำนวนนักเรียนทั้งสิ้น ๑๔๘ คน ครูและบุคลากรทางการศึกษา ๑๓ คน โดยมี นายพงศ์วิชญ์ พิพัฒน์เอกโชติ ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านท่าหินลาด รักษาการในตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านห้วยน้ำไซ (สาขาร่องกล้าวิทยา)